parte 2-trama

parte 2 si divide in:
Rappresentazione della spirale rossa presente sul giubbotto di Naruto Uzumaki e su quelli di altri ninja di grado superiore a quello di Genin.Saga del salvataggio di Gaara[11]
Trascorsi due anni e mezzo, Naruto, più grande e più maturo, ritorna al Villaggio della Foglia dopo essere stato addestrato da Jiraiya. Qui rincontra i vecchi compagni Sakura Haruno e Kakashi Hatake; Temari e Shikamaru gli comunicano che Gaara è diventato il nuovo Kazekage. Intanto al Villaggio della Sabbia il Kazekage viene rapito dopo un duro scontro con due membri dell'Akatsuki: Deidara e Sasori , che insieme agli altri membri, procederanno all'estrazione di Shukaku che risiede in Gaara per poter, dopo aver raccolto lo spirito di tutti i Jinchuuriki, sviluppare una nuova, micidiale tecnica con la quale si possa distruggere un intero Paese[12]. Il Team Gai e il Team Kakashi vanno in soccorso del Villaggio della Sabbia, e insieme all' anziana Chiyo, nonna di Sasori, arrivano di fronte all'entrata del nascondiglio dell'Organizzazione. Il Team Gai è costretto a combattere contro alcuni cloni, che impediscono loro di dare supporto agli altri. Questi ultimi si dividono: Sasori inizia uno scontro con Sakura e Chiyo mentre Deidara si fà inseguire da Kakashi e Naruto. Sasori verrà ucciso da Sakura e Chiyo, ma prima di morire dice a Sakura di trovarsi 10 giorni più tardi al Ponte del Cielo e della Terra per incontrare una spia di Orochimaru. Deidara è costretto a ritirarsi grazie al nuovo Sharingan Ipnotico di Kakashi. Chiyo, in un'azione disperata, grazie a una tecnica di reincarnazione, riesce a riportare Gaara in vita, al prezzo della sua.

Saga del nascondiglio di Orochimaru
Ritornati al villaggio, Kakashi viene costretto a letto a causa dello sforzo compiuto per aver utilizzato lo Sharingan Ipnotico più volte, e quindi al Team 7 viene assegnato un nuovo capitano temporaneo di nome Yamato e al posto di Sasuke, un giovane di nome Sai. Il Team parte alla volta del Ponte del Cielo e della Terra per catturare la spia, che si rivelerà essere Kabuto, in realtà ancora fedele ad Orochimaru; quando il sannin appare, Naruto perde il controllo e il chakra intorno a lui prende la forma di una Volpe a quattro code. Il ragazzo ritorna in sé dopo aver ferito Sakura, che viene curata da Kabuto; Naruto si fa quindi sigillare il chakra della Volpe dentro di sé da Yamato, in modo da non doverlo più utilizzare e non perdere nuovamente il controllo. Orochimaru riesce a fuggire dal campo di battaglia assieme a Kabuto e Sai, fintosi suo alleato. La squadra riesce a infiltrarsi nel rifugio del nemico. Entrati, scoprono che in realtà Sai fa parte di un team speciale, La Radice, che si occupa di assassinare i ninja traditori in gran segreto. Così si scopre che in realtà l'obiettivo di Sai è uccidere Sasuke. Dopo poco Sai, raggiunto dagli altri compagni, incontra Sasuke che rivela di essere disposto pure a sacrificare la sua anima pur di uccidere il fratello. Sai allora rivela di aver abbandonato il suo scopo principale nella missione e che il legame tra Naruto e Sasuke gli ricordava quello che lo legava a suo fratello, perciò decide di aiutare Naruto a ricostruirlo. Sasuke, per capriccio, tenta di uccidere il suo team ma viene fermato da Orochimaru che vede nella Foglia degli alleati per sconfiggere Alba. Il Team Yamato torna così al villaggio.

Saga di Hidan e Kakuzu e della vendetta di Shikamaru
Naruto intraprende un nuovo allenamento per creare una nuova tecnica in cui scopre la natura del suo chakra, di tipo vento. Kakashi aiuta Naruto nell'allenamento insieme a Yamato e combina il Rasengan con il chakra del vento, dando vita ad una tecnica potentissima ma ancora debole perché non perfezionata. Intanto l'Organizzazione Alba ha catturato i demoni a due e tre code e distrutto un tempio nel Paese del Fuoco. Due dei suoi membri, Kakuzu e Hidan, uccidono in uno scontro con i ninja della Foglia Asuma Sarutobi, maestro di Shikamaru. Dopo la morte di Asuma, Shikamaru, insieme al Team 10 capitanato da Kakashi, promette di vendicare il suo maestro. Così, dopo una breve ricerca, il team si imbatte con Hidan e Kakuzu e iniziano a combettere: Shikamaru riesce a battere Hidan seppellendolo vivo nella foresta del clan Nara, mentre per sconfiggere l'apparentemente immortale Kakuzu è necessario l'intervento del Team 7. Naruto coglie i frutti del suo allenamento speciale e grazie alla sua nuova tecnica, Arte del vento - Shuriken rotante ( riesce a sconfiggere Kakuzu con il solo utilizzo della nuova mossa.

Saga della ricerca di Itachi Uchiha
Sasuke decide che Orochimaru non ha più nulla da insegnargli e per questo, approfittando del suo momento di debolezza dovuto al rigetto dell'attuale corpo, lo attacca e lo uccide. Kabuto però riesce a tenere in vita il suo spirito utilizzando una tecnica sconosciuta. In seguito Sasuke libera Suigetsu Hozuki, un prigioniero di Orochimaru. Al Team si aggiunge anche una sottoposta di Orochimaru, Karin, insieme alla quale liberano Jūgo, l'origine del Segno maledetto. Sasuke fonda così il Team Hebi che ha lo scopo di trovare Itachi Uchiha e ucciderlo. Anche il Team 8 (con capitano Kakashi) e il Team Yamato partono alla ricerca di Itachi. Deidara e Tobi incontrano Sasuke, il quale spinge Deidara, al termine di un lungo scontro, all'autodistruzione. Vengono rivelati i volti e i nomi di Pain (probabile leader dell' organizzazione), e di Konan (la ragazza al fianco di Pain), e i nomi della madre di Naruto, Kushina Uzumaki, e del padre Namikaze Minato, il Quarto Hokage. Sasuke incontra Itachi ma questi riesce a scappare, intimando al fratello di raggiungere il rifugio segreto degli Uchiha, dove potranno concludere il loro scontro.

Saga di Jiraiya e Pain[
Intanto Jiraiya parte per una nuova missione che lo vedrà impegnato nel Villaggio della Pioggia a carpire informazioni riguardo Pain. Durante lo scontro tra Jiraiya e Pain(suo vecchio allievo), questi crea altre due copie che possiedono la sua stessa abilità innata ma dopo un lungo scontro Jiraiya ha la meglio grazie all' aiuto di due rospi molto potenti, capaci di creare un illusione che riesce a confondere persino l'abilità di Pain. Inaspettatamente, Pain evoca altre tre copie e con un colpo a sorpresa taglia un braccio a Jiraiya. La battaglia ricomincia e Jiraiya scoprirà la verà natura del Rin'negan posseduto da Pain, arrivando a capire il modo per sconfiggerlo. Egli riuscirà a comunicarlo tramite un dei due rospi al Villaggio della Foglia, morendo dopo aver trasmesso l'informazione